São Borja nasceu a partir do desmembramento do município de Rio Pardo em 12/12/1887, através da Lei nº 1.614. A Comarca foi criada através da lei 1.020, de 11/03/1833 desmembrado de Rio Pardo É sem contestação, o núcleo habitacional permanente mais antigo do território rio-grandense do sul.
Até a derrocada em 1756, os Jesuítas incrementaram a pecuária extensiva, o artesanato, o cultivo da terra e deixaram o primeiro plano diretor do município. Localizaram a cidade em local alto, afastado da margem do rio, longe das enchentes. Com a saída dos Jesuítas estabeleceram-se grandes estâncias, predominando ainda a pecuária extensiva e a prática das queimadas nos campos nativos.
Na ultima década do século XIX, com a vinda de imigrantes europeus intensificou-se a agricultura e o uso do arado no solo, expandindo a lavoura pelo campo nativo e partes das matas nativas. Em meados do século XX a lavoura de arroz então inexpressiva, toma impulso ocupando áreas de várzea e banhados. Os primitivos habitantes deste território foram os indígenas, que deixaram um legado na cultura e na formação étnica.
São Borja é uma localidade que está inserida no mapa das grandes oportunidades. O município soma um conjunto de fatores positivos para tornar-se um ponto de referência no desenvolvimento da América do Sul, pois se situa estrategicamente no centro dos principais eixos comerciais do continente. Primeiro dos Sete Povos das Missões e Terra dos Presidentes, São Borja é uma das cidades mais importantes da histórica política brasileira.
Hoje, o município destaca-se como um novo pólo de oportunidades, tanto no agronegócio (sua principal base econômica) quanto nas rotas comerciais do Mercosul e no turismo. São Borja tem toda infraestrutura necessária para os novos empreendimentos e dispõe de um moderno programa de incentivos para a atração de novos investimentos.
Vários são os seus destaques econômicos: a excelência da agropecuária, a força da agroindústria e a modernidade e do seu sistema logístico. E novas oportunidades estão surgindo para agregar mais valor a esta terra. No dia 10 de outubro comemora-se o dia do padroeiro do Município, São Francisco de Borja.
